国税庁HPにおいて「在宅勤務に係る費用負担等に関するFAQ(源泉所得税関係)」が公表されています。

公表年月は令和３年１月となっております。
「(注)この質疑事例は、令和2年 12 月1日現在の法令等に基づいて作成しています。」とも記載されています。

例えばこのような記載があります。

詳細については国税庁HPをご覧下さい。

概要は把握しましたが、様々な疑問が湧きましたので書き連ねておきます。

□いつからの在宅勤務分が対象なのか？コロナ前から在宅勤務手当を課税給与として支給している場合、過去に遡り還付申告を行うことができるのか？

□令和２年の在宅勤務について非課税分が認められるとした場合、おそらく多くの事業者が在宅勤務にかかる在宅勤務手当を課税給与として年末調整を行なっているはずです。
しかし、このタイミングでFAQが公表されたことで、事業者としてはどのように対応すべきか悩みます。
在宅勤務手当を支給した従業員全員にこのFAQを読ませ、令和２年の非課税給与部分を会社へ申告させ、年末調整をやり直すべきか、それとも、各従業員が課税給与とてして年末調整された源泉徴収票に基づき、各自が非課税給与部分を計算し確定申告により申告するように周知するべきか？

□今後在宅勤務手当を支給する場合、従業員との非課税部分に関するコミュニケーションをどのうように行うべきか？光熱費・通信料の領収書を提出させるのか？毎月、非課税部部を申告させ給料計算すべきか、年末に申告させ年末調整で調整すべきか？

事業者は合理的に在宅勤務手当を支給していると仮定し、「非課税にします」という形にはならなかったことが残念です。
計算式などの丁寧に紹介されていますが、残念ながら「在宅勤務するな」としか読めません。。。